Mikroorganizmy, zwane mikrobiomem, zamieszkują na powierzchni skóry i chronią ją przed drobnoustrojami chorobotwórczymi poprzez produkcję enzymów oraz bakteriocyn. Żyją one w symbiozie z komórkami i pomagają zachować odpowiednie pH skóry, co hamuje rozwój chorobotwórczych patogenów oraz jest ważne dla prawidłowego procesu złuszczania naskórka. Mikrobiom skóry pełni również funkcję ochronną przed niekorzystnymi czynnikami środowiska zewnętrznego oraz przed mikroorganizmami patogennymi.
Kształtuje także odporność, wpływając na produkcję cytokin oraz białek przeciwbakteryjnych (rozkładając sebum), dzięki czemu utrzymuje on równowagę hydrolipidową skóry.
Ponieważ miejsca na skórze ludzkiej mogą być tłuste, wilgotne lub suche, na każdym z nich skład mikrobiomu jest różny. Na obszarach, na których panuje wilgotność i ciepło np. w pachwinach, rozwijają się często szkodliwe drobnoustroje Gram-ujemne, które mogą powodować wiele poważnych zakażeń takich jak np.: zapalenie płuc, zakażenia dróg moczowych, czy gronkowiec złocisty. Z kolei w miejscach, gdzie występuje duża ilość gruczołów łojowych zamieszkują bakterie takie jak Propionibacterium spp. Szacuje się, że wywołują one trądzik młodzieńczy u około 80% osób w wieku 11–30 lat.